Crevni mikroorganizmi na izvestan način ostvaruju proces varenja unutar varenja. Mnoga od biljnih vlakana koje unosimo, a koja se ne mogu iskoristiti, kao što je celuloza ili pektin, upotrebljavaju upravo ovi mikroorganizmi, tako što im razgrađuju polisaharide i time ih čine lakšim za varenje.
Crevna flora sadrži enzime koji su sposobni da razgrade ugljene hidrate, masti i proteine. Zahvaljujući razgradnji ugljenih hidrata, dobijaju potrebnu energiju za održanje.
Veoma važna uloga ovih mikroorganizama sastoji se u razgradnji masti, uključujući žučne 
kiseline i holesterol. Korišćenje viška holesterola od strane ovih bakterija, može biti od velike koristi da nivo holesterola u krvi ostane u prihvatljivim granicama. Ovaj aspekt možda zahteva detaljnije objašnjenje. Holesterol koji predstavlja višak za organizam izliva se kroz žuč u digestivni aparat, u mnogim slučajevima ovaj holesterol je reapsorbovan od strane sluzokože creva i vraćen u krv. Ukoliko se postigne da crevne bakterije apsorbuju višak holesterola, on neće biti reapsorbovan, a usled toga će se na izvestan način izbeći povećanje njegovog nivoa iznad normalnog.
Još jedno od pozitivnih svojstava normalne crevne je prevencija infekcije patogenim mikroorganizmima. Normalna flora stvara neku vrstu pokrivača digestivnog trakta koji pokriva pore u kojima bi mogli da se nastane štetni mikroorganizmi. Na ovaj način, crevna flora je savršeni mehanizam telesne zaštite.
REGULACIJA CREVNIH MIKROORGANIZAMA
Kao što se može pretpostaviti, organizam poseduje određene mehanizme kontrole nad sto milijardi bakterija koje nastanjuju digestivni aparat. Imunoglobulini (telesne odbrane), naročito tipa IGA, IGG i IGM sprečavaju da ove bakterije pređu granicu creva i time penetriraju u ostala tkiva.
Digestivni sokovi (pljuvačka, želudačni i crevni sokovi) uspostavljaju uslove koji pogoduju razvoju mikroorganizama sa pozitivnim dejstvom, a onemogućavaju razvijanje štetnih. S tim u vezi, smatra se da je način unošenja hrane od esencijalne važnosti, jer ukoliko namirnice dobro natopimo pljuvačkom i žvaćemo na ispravan način, luči se veća količina lisozima (prisutan u pljuvački) koji ima neku vrstu antibiotskog dejstva protiv patogenih mikroorganizama. Upotreba i zloupotreba preparata protiv viška želudačne kiseline dovodi do smanjenog aciditeta stomačne duplje koja predstavlja barijeru za mnoge neželjene mikroorganizme, te se dopušta da se nastane u gornje delove tankog i debelog creva.
Hrana koju unosimo je od vitalnog značaja za razvoj mikroorganizama. Očigledno je da način na koji hranimo svoje crevne ‘partnere’ pogoduje razvijanju jedne ili druge vrste.
Ishrana bogata dijetetskim vlaknima (integralne žitarice, voće, povrće, itd.) omogućava nužnu prehranu mnogim crevnim mikroorganizmima. Ishrana koja obiluje proteinima pogoduje razvoju truležnih bakterija. Drugi sistem kontrole crevne flore sproveden je od strane mikroorganizama koji su normalno prisutni u organizmu usled toga što proizvode niz supstanci koje pogoduju razvoju adekvatne flore, a onemogućavaju razvijanje druge koja je štetnog karaktera. Među ovim supstancama nalaze se one koje su nazvane faktorima razvoja
jer omogućavaju razvoj odgovarajućih vrsta, kao i prirodni antibiotici uostalom. Mnoge bakterije, kao Escherischia coli, neke streptokoke i pseudomonas bakterije proizvode odredene vrste antibiotika nazvane mikrocin, kolicin ili bakteriocin, koji imaju mogućnost da unište patogene mikroorganizme koji bi mogli da se nastane u digestivnom aparatu.
